La Asociación de Empleados Municipales convocaba sesión el día 28 de junio 1928 nombrando como su patrón al Cristo de la vera cruz. Dedicándole un altar en el santuario de áfrica.
Desde entonces los funcionarios locales de Ceuta celebran su patrón el 3 de mayo día de la santa cruz.
Al contrario de los funcionarios del resto del país que lo hacen el 22 de mayo día de santa Rita patrona de funcionarios locales
En 1931 se constituye la hermandad, realizando su primera salida procesional en la madrugada del Jueves Santo de ese mismo año, denominándose Procesión del Silencio.En 1951, la Hermandad se reorganiza, incluyendo como nueva titular a la Santísima Virgen bajo la Advocación de Nuestra Señora del Desamparo.
La imagen, del valenciano Rabassa Pérez, fue bendecida el 30 de marzo de 1951 saliendo procesionalmente ese mismo año tras el Cristo de la Vera Cruz, trasladando la procesión de la madrugada del Jueves Santo a la tarde noche del Martes Santo. Un año más tarde, en 1952 se aprueban nuevos estatutos.
Gracias al patrocinio municipal, la cofradía nunca faltaba a su cita en Semana Santa. Pero en 1989 la situación se hace insostenible, suspendiéndose la salida procesional.
Tras un paréntesis de seis años, en 1995 recorre de nuevo las calles ceutíes, esta vez en la madrugada del Viernes Santo, recuperando su primitivo carácter de hermandad de silencio.
El Cristo de la Vera Cruz fue restaurado en Sevilla por Francisco Arquillo Torres en 1995.En el año 2006 se llevó a cabo por D. Dani Bellón e Inmaculada Rodríguez la restauración de la Santísima Virgen del DesamparoEse mismo año se conmemora el 75º aniversario. Realizando una salida extraordinaria el día 30 de septiembre del mismo año.
En 2009 se procedió a una exhaustiva restauración de los respiraderos del Paso de Cristo, en los talleres de artesanía religiosa de Juan García, de la localidad cordobesa de “La Rambla”
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