Acredita el historiador Levi María Jordán que el Papa Martín V que, mediante la bula Romanis Pontífices de 4 de abril de 1417 dada en Constanza en el curso de la celebración del Concilio Ecuménico, nombró una comisión formada por los arzobispos de Braga D. Fernando Guerra y de Lisboa D. Diego Álavarez de Brito, a fin de que se incoara expediente para que ambos informaran sobre las preces del rey de Portugal D. Juan I para que Ceuta fuera elevada a la categoría de Sede Episcopal.
Luego, por la bula del mismo Papa de 4-04-1418, Romanus Pontife, un año después, se reconoció que la conquista de Ceuta por Portugal era perfectamente legítima desde el punto de vista del Derecho Canónico. Todo ello figura también acreditado en el Archivo Secreto Vaticano, volumen 195, folio 289, documento 144, página 299.
Como resultado de la investigación abierta por dichos arzobispos, con fecha 6-09-1420, ambos pronunciaron sentencia favorable en virtud de la cual se proponía elevar la antigua iglesia parroquial, que había sido inicialmente construida en el mismo lugar purificado donde se hallaba enclavada la mezquita árabe, a la dignidad de Catedral, creándose así la nueva Sede Episcopal ceutí bajo la advocación de la Asunción, en conmemoración de que el día antes, es decir, el 14-08-1415, fuera conquistada Ceuta, a la que también se marcaron como términos eclesiásticos el antiguo reino de Fez y los territorios del entonces reino árabe de Granada más próximos al mar.
Igualmente, por la bula Romani Pontificis, dada en Roma el 5-03-1421, se destinó a fray Amaro, entonces obispo de Marrakéx, como primer obispo de Ceuta. Y mediante la bula “Etsi Cuntos”, dada el 29-12-1442, Ceuta era declarada por el Papa, de “motu propio” (sin previa petición): “Única ciudad que confiesa la fe cristiana en África, tercera parte del mundo”. Resulta así inequívoca la especie de “entente cordiale” que entonces existía entre Roma y el rey D. Juan I de Portugal.
Según dejó escrito en 1912 el canónigo D. Salvador Calaf, la construcción de la vieja Catedral tuvo lugar en 1451. Se llevó a cabo, en primer lugar, en el mismo lugar donde se hallaba ubicada la antigua mezquita árabe en el tiempo anterior a la conquista, que fue derribada en su mismo emplazamiento y en su lugar fue construida la nueva planta de la iglesia Catedral, aprovechando los mismos materiales de la vieja mezquita. De hecho, inicialmente conservó la forma de dicha mezquita. Tenía 180 columnas de mármol de varios colores y junto al altar mayor dos hermosas estatuas de piedra verde. De la forma que antiguamente tuvo el templo se tienen escasas noticias; pero, según la visita que en 1578 efectuó el obispo D. Manuel de Cimbra, se ordenó al Tesorero que todos los días no festivos se enseñara la doctrina cristiana a los niños y niñas en las naves laterales, pero no en la central.
Y en la visita que realizó el obispo de Ceuta D. Antonio Aguiar, que desempeñó el cargo en Ceuta desde 1619 a 1622, ordenó que se pusieran barandas en las capillas, que no las tenían, para resguardar así los frontales de los altares, disponiendo también que en las fosas sepulcrales que las cofradías tenían en la Catedral, no grabaran ni pintaran cruces, para que la gente nos las pisaran. En la visita que realizó el obispo D. Manuel Cimbra en 1578, se ordenó al tesorero que todos los días no festivos se enseñara la doctrina cristiana a los niños en las naves laterales del edificio, pero no en la central. El mismo obispo dispuso que durante los domingos y días festivos, se cerraran con llave las gradas de dichas capillas para que nadie se sentara en ellas.
El coro era alto, tal como se colige de las expresiones que constan de aquellas fechas en los antiguos estatus y visitas, como “bajar o subir al coro”. En tal sentido, refiere el Obispo Sr. Velunza: “En esta santa iglesia, por no haber habido coro bajo…”. Y también lo refiere el obispo D. Tomás Agüero comentando los artículos IV y V. En el Sagrario se veneraba a la Virgen del Rosario. En él radicaba la cofradía del mismo nombre. Así consta, entre otros muchos documentos, en el testamento otorgado en 1595 por Dª Catalina Páez de Alburquerque, y también constaba en los libros de la Hermandad de San Pedro Apóstol. Esa cofradía subsistió hasta 1716, fecha en que quedó extinguida al haber perdido casi todos los bienes, y sus alhajas fueron depositadas en poder del tesorero de la cofradía de Ntra. Sra. del Consuelo, y por fin incorporados a la de la Catedral, según atestigua el que fuera obispo, Sr. Mayoral.
Los siete Santos Mártires, Patronos de la ciudad, tenían también un altar principal, y en él fundaron una memoria perpetua de una misa diaria rezada, D. Diego Rodríguez Piñón y Piñoso y su cónyuge. En el siglo XVI, los terrenos afectados a esta manda eran los que ocupaba el chalet de D. Enrique García, la que fue casa cuna y otras casas; parte del terreno lo compró al Estado para abrir el antiguo camino del Recinto: los de la cofradía del Rosario eran, entre otros, los de las entonces calles de Penacho y Val de Flores.
En 1618, siendo obispo D. Guillermo Cobes y Gobernador de la plaza el marqués de Villarreal, a petición de ambos fue enviada desde Lisboa una reliquia del insigne diácono y mártir D. Lorenzo, enyastada en un brazo dorado. En 1582, el obispo Ciabra introdujo las fiestas de San Gonzalo, con vísperas solemnes, pero retribuidas. Según refiere D. Salvador Calaf, la Catedral en sus primeros tiempos debió tener, como mínimo, la misma superficie actual, incluso habiendo podido ser más amplia, si bien, al tiempo de aseverarlo no existían datos suficientes para poder determinarlo con exactitud, sólo se deduce de otros datos indirectos.
En 1665 o año siguiente, estando entonces la Sede Episcopal vacante por la muerte del obispo D. Gonzalo de Silva, ocurrida el 26-02-1665, y no haberse procedido a nuevo nombramiento, a causa de la insurrección separatista de Portugal, la Catedral fue declarada en estado ruinoso. Y en 1672, siguiendo vacante la Sede Episcopal, la misma fue cerrada definitivamente al culto, y el Cabildo trasladó su residencia, en orden a los divinos oficios, a la entonces pequeña ermita de Ntra. Sra. de África, y en 1686 fue demolida.
En tal sentido, el obispo D. D. Antonio Ibáñez de la Riva Herrera en el relato de su visita refiere lo siguiente: “ Habiendo visitado el edificio material de nuestra iglesia, y reconociendo que estaba inhabitable y la mayor parte arruinada por vista de ojo y declaración de alarifes, habiendo tratado y conferido varias veces esta materia con el Excmo. Sr. D. Francisco de Velasco y Tovar, capitán general de esta plaza, a quien por real cédula de S.M. pertenece la superintendencia en la distribución de los 1000 ducados de plata que tiene asignados para la reedificación de esta santa iglesia, se resolvió de común consentimiento, con el parecer de un maestro mayor de obras que se trajo de la ciudad de Málaga, que se demoliese la iglesia antigua, como en efecto se hizo y se puso en planta llana, y se abrieron los cimientos de la nueva y capillas, y se comenzó la obra que hoy se va prosiguiendo”.
Demolida la antigua Catedral, se empezó a gestar la idea de su reconstrucción, y también a dotar económicamente el proyecto necesario que permitiera su reedificación.
Así, en la visita que efectuara el obispo Vidal Marín el 14-03-1696, el mismo mandó al Cabildo que rindiera cuentas claras de las cantidades percibidas hasta entonces para evitar las ruinas de la antigua Catedral, a fin de dedicarlas a construir la nueva, y dicho Cabildo le contestaba el 22 de marzo que el rey Felipe IV, por Real Cédula de 19 de septiembre de 1661, consignó 100 ducados de vellón cada año, y que hasta finales de 1664 se habían venido cobrando, y que el 31-05-1665 dispuso el rey que los 1000 ducados fuesen de plata, cobrándose desde esa fecha hasta el 14-05-1669.
